Σε πολλές περιπτώσεις, τα φάρμακα που χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία της νόσου του Crohn και της ελκώδους κολίτιδας είναι παρόμοια. Ωστόσο, υπάρχουν ορισμένα φάρμακα που είναι πιο αποτελεσματικά για τη μία μορφή IBD έναντι της άλλης. Ιστορικά, οι βασικοί πυλώνες θεραπείας για την ελκώδη κολίτιδα περιλαμβάνουν φάρμακα 5-ASA και κορτικοστεροειδή. Τα φάρμακα 5-ASA συνήθως δεν χρησιμοποιούνται για τη θεραπεία της νόσου του Crohn όταν αφορά μόνο το λεπτό έντερο (αν και τα κορτικοστεροειδή χρησιμοποιούνται).
Τούτου λεχθέντος, για άτομα που έχουν μέτρια έως σοβαρή ελκώδη κολίτιδα, οι κατευθυντήριες οδηγίες δεν συνιστούν πλέον τη χρήση μιας προσέγγισης σταδιακής αύξησης (πρώτα φάρμακα 5-ASA και μετά βιολογικά φάρμακα εάν αυτή η προσέγγιση αποτύχει). Αντίθετα, συνιστάται να χρησιμοποιούνται βιολογικά φάρμακα (με ή χωρίς φάρμακο θειοπουρίνης) ως θεραπεία πρώτης γραμμής.
Ορισμένα φάρμακα έχουν εγκριθεί μόνο για τη θεραπεία της μίας ή της άλλης μορφής IBD. Για παράδειγμα, το Cimzia (certolizumab pegol) είναι εγκεκριμένο μόνο για τη θεραπεία της νόσου του Crohn και το Colazal (δινάτριο βαλσαλαζίδη) έχει εγκριθεί μόνο για τη θεραπεία της ελκώδους κολίτιδας. Άλλα νεότερα φάρμακα (βιολογικά), συμπεριλαμβανομένου του Humira (adalimumab) και του Entyvio (vedolizumab), είναι εγκεκριμένα τόσο για τη νόσο του Crohn όσο και για την ελκώδη κολίτιδα.

Χειρουργική επέμβαση
Για τους ασθενείς που ζουν με τη νόσο του Crohn, η χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεση άρρωστων τμημάτων του εντέρου μπορεί να προσφέρει κάποια ανακούφιση από τα συμπτώματα, αλλά η ασθένεια τείνει να υποτροπιάζει. Επειδή η φλεγμονή εμφανίζεται μόνο στο παχύ έντερο στην ελκώδη κολίτιδα, η αφαίρεση αυτού του οργάνου (που ονομάζεται κολεκτομή) θεωρείται “θεραπεία”.
Η αφαίρεση μόνο μέρους του παχέος εντέρου δεν γίνεται συνήθως με ασθενείς με ελκώδη κολίτιδα, καθώς η ασθένεια θα υποτροπιάσει στο τμήμα του παχέος εντέρου που έχει απομείνει. Μετά από μια κολεκτομή, ένας ασθενής με ελκώδη κολίτιδα μπορεί να έχει μια ειλεοστομία ή έναν από τους διάφορους τύπους εσωτερικών σακουλών που δημιουργούνται από το υγιές λεπτό έντερο.
Οι εσωτερικοί θύλακες συνήθως δεν δημιουργούνται σε ασθενείς με νόσο του Crohn που πρέπει να υποβληθούν σε κολεκτομή, επειδή η νόσος του Crohn μπορεί να εμφανιστεί στον ασκό.