Η νόσος του Crohn μπορεί να επηρεάσει οποιοδήποτε μέρος του πεπτικού συστήματος, με το παχύ και το λεπτό έντερο να είναι οι πιο κοινές θέσεις. Ωστόσο, η φλεγμονή μπορεί να συμβεί και σε άλλες τοποθεσίες, και στην πραγματικότητα, αυτό μπορεί να είναι αρκετά κοινό. Όταν εμφανίζονται νέα σημάδια και συμπτώματα, τα άτομα με νόσο του Crohn θα πρέπει να διατηρούν στενή επαφή με τον γαστρεντερολόγο τους για τη διαχείριση της νόσου τους.
Το στομάχι
Σε περίπου 5% των ασθενών με νόσο του Crohn, το στομάχι μπορεί να προσβληθεί. Οι δύο μορφές που επηρεάζουν το στομάχι ονομάζονται νηστιδοϊλίτιδα και γαστροδωδεκαδακτυλική νόσος του Crohn. Στη νήστιδα, το μεσαίο τμήμα του λεπτού εντέρου, το οποίο ονομάζεται νήστιδα, επηρεάζεται επίσης. Στη γαστροδωδεκαδακτυλική νόσο του Crohn, το πρώτο τμήμα του λεπτού εντέρου, το δωδεκαδάκτυλο, είναι επίσης φλεγμονώδες. Σε ορισμένες περιπτώσεις, αυτές οι μορφές της νόσου του Crohn μπορεί αρχικά να θεωρηθεί ότι είναι έλκος στομάχου, αλλά καθώς τα συμπτώματα συνεχίζονται, ανακαλύπτεται αργότερα ότι στην πραγματικότητα πρόκειται για νόσο του Crohn
Περιορική Περιοχή
Η περιπρωκτική περιοχή είναι το δέρμα και η περιοχή γύρω από τον πρωκτό. Η νόσος του Crohn που προσβάλλει την περιπρωκτική περιοχή είναι αρκετά συχνή. Μερικά από τα προβλήματα που μπορεί να εμφανιστούν περιλαμβάνουν περιπρωκτικά αποστήματα, συρίγγια, ραγάδες πρωκτού και αιμορροΐδες. Το απόστημα είναι μια συλλογή αίματος και πύου. Έως και 62% των ατόμων με νόσο του Crohn μπορεί να εμφανίσουν ένα κατά τη διάρκεια της νόσου τους.

Τα αποστήματα μπορεί να οδηγήσουν στην ανάπτυξη συριγγίου, το οποίο είναι μια ανώμαλη σύνδεση μεταξύ δύο οργάνων ή μεταξύ του εσωτερικού του σώματος και του δέρματος. Υπάρχουν αντικρουόμενες εκτιμήσεις για τον επιπολασμό της ραγάδας του πρωκτού—μια μικρή ρήξη στον πρωκτικό σωλήνα—σε άτομα με νόσο του Crohn, που ποικίλλει από περίπου το ένα τρίτο έως περισσότερους από τους μισούς ασθενείς. Οι αιμορροΐδες, αν και συχνές στον γενικό πληθυσμό, δεν αποτελούν τόσο μεγάλη ανησυχία σε άτομα που πάσχουν από νόσο του Crohn.