Ο HPV είναι ιός, που εισέρχεται στα κύτταρα του τραχήλου. Αν καταφέρει να κρυφτεί από το ανοσοποιητικό σύστημα του οργανισμού, τότε αντί να αντιμετωπιστεί η λοίμωξη και να θεραπευθεί μόνη της, ο ιός παραμένει στα κύτταρα του τραχήλου. Αυτό ονομάζεται εμμένουσα λοίμωξη. Σταδιακά οι αλλοιώσεις γίνονται βαρύτερες και τελικά (συνήθως μετά από 10 με 20 χρόνια) μπορεί να εξελιχθούν σε καρκίνο. Ωστόσο, σε ορισμένες περιπτώσεις η ασθένεια μπορεί να εξελιχθεί πιο γρήγορα.
Ευτυχώς, το ανοσοποιητικό σύστημα του οργανισμού συνήθως αντιμετωπίζει τη λοίμωξη με HPV, χωρίς οι γυναίκες να καταλαβαίνουν καν ότι είχαν προσβληθεί από αυτή.
Ωστόσο, κάποιοι υψηλού κινδύνου, ογκογόνοι τύποι του ιού μπορεί να παραμείνουν στην περιοχή του τραχήλου και με την πάροδο του χρόνου μπορεί να προκαλέσουν την ανάπτυξη καρκίνου του τραχήλου της μήτρας. Αν συμβεί αυτό, συνήθως δεν υπάρχουν συμπτώματα στα πρώιμα στάδια.
Τα μολυσμένα κύτταρα μπορεί αργά να εξελιχθούν σε παθολογικά κύτταρα και στη συνέχεια σε καρκίνο του τραχήλου της μήτρας, μια διαδικασία που συνήθως παίρνει χρόνια, εκτός αν εντοπιστεί και θεραπευτεί έγκαιρα. Και σε αυτό το σημείο είναι που τo τεστ Παπανικολάου έχει αποδειχθεί τόσο σημαντικό στον εντοπισμό κυτταρικών αλλοιώσεων, που προκαλούνται από την HPV λοίμωξη.